咖啡是目前被人类使用最久却又误解最多的饮料，许多最新的研究报告显示，在许多方面，咖啡因对人体并没有过去想象中有健康的危害；反之，咖啡中一些成分对于人体有很多的保健功效，都慢慢被科学家发现。
　　目前，已知道咖啡的特殊成分对人体的生理反应如下：
　　1：抗氧化的效果，咖啡中含有丰富的咖啡因、咖啡酸、绿原酸等成分，可以有效地抗威胁我们身体健康的自由基，而自由基是造成许多疾病（如心肌病变、动脉硬化、中风、肺气肿、帕金森综合症）的主因。自由基过多会使身体代谢受到影响，破坏细胞进而使得器官组织受影响。
　　2：保护心脏血管的功能，咖啡含有高成份的多酚化合物，这一类化合物是强力的抗氧化剂，能延缓低密度脂蛋白的氧化时间高达三倍，可以溶解血液凝块级阻止血栓的形成；咖啡还可以增强血管收缩，避免血管扩张而头痛。此外，少量的咖啡也可以增强心肌收缩能力，促进血液循环，达到预防心血管疾病的作用。
　　3：提神醒脑，咖啡所含的咖啡因会刺激脑部的中枢神经系统，延长脑部清醒的时间，使思路清晰、敏锐，且注意力较为集中，可提高工作及学习的效率。
　　4：抗忧郁，少量的咖啡可使人精神振奋，心情愉快，舒解忧郁的现象。
　　5：控制体重，咖啡因能提高人体消耗热量的速度，一项研究发现100毫克的咖啡因（约一杯咖啡）可加速脂肪分解，能使人体的新陈代谢率增加百分之三至四，增加热能的消耗，适量饮用，有减重效果。
　　6：促进消化，咖啡因会刺激交感神经，提高胃液分泌，如果在饭后适量饮用，有助消化。
　　7：利尿，咖啡具利尿作用，可提高排尿量，因而使上厕所次数增加。
　　8：改善便秘，咖啡可刺激肠胃激素或蠕动激素，产生通便作用，可当快速通便剂。
　　9：降低患肠癌或直肠癌的几率，咖啡含有天然抗氧化物。
　　10：止痛，咖啡因作为一种药品时，可以加强某些止痛剂的效果(可减缓偏头痛)。
　　11：增强身体敏捷度，咖啡因也有助于在运动时，使运动阀值降低，增加身体的敏捷度，使运动员有较好的成绩。
　　12：降低得胆结石的机会，最新来自哈佛大学公共卫生学院的一项研究指出，每天和2-3杯咖啡的人比起从不喝的人，平均得胆结石的机会小40%。
　　此外，咖啡所含的单宁酸，具有收敛性及止血、防臭的作用。